企画研究は、HMCの立案による1プロジェクト5〜10名程度の共同研究で、2〜3プロジェクトを3年（場合によっては4年）かけて遂行します。複数の連携部局から教員が参加し、HMCにはフェロー（兼務教員）として所属することになります。2017年7月、最初の企画研究として「学術資産としての東京大学」及び「21世紀における共生の理論と実践」の研究プロジェクトがスタートしました。その後も新たなプロジェクトが加わり、現在、以下の研究が進められています。
参画教員：松方冬子（史料編纂所）、稲田奈津子（史料編纂所）、三枝暁子（人文社会系研究科）、永井久美子（総合文化研究科）、井坂理穂（総合文化研究科）、後藤春美（総合文化研究科）、水野博太（HMC特任助教）
詳細はこちら参画教員：安藤 宏（人文社会系研究科）、唐沢 かおり（人文社会系研究科）、塚本 昌則（人文社会系研究科）、阿部 公彦（人文社会系研究科）、阿部 賢一（人文社会系研究科）、大向 一輝（人文社会系研究科）、村上 克尚（総合文化研究科）、武田 将明（総合文化研究科）、和田 真生（HMC特任研究員）
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写真提供：東京大学文学部・大学院人文社会系研究科
